Палестрина написал три мессы на шесть голосов. Все три отличались замечательными достоинствами: первая отличалась строгим стилем, вторая – нежностью, глубиною чувства и изяществом, третья, как по форме, так и по экспрессии, явилась высшим проявлением гениальности композитора. Посвященная памяти папы Маркелла, покровителя Палестины, она известна под названием "Мессы папы Маркелла" и стала образцом для подражания. Эти мессы решили участь фигуральной музыки в ее пользу.

Папа Пий IV, услышав мессу, воскликнул: "Здесь Иоанн (то есть Палестрина) в земном Иерусалиме дает нам предчувствие того пения, которое святой апостол Иоанн в пророческом экстазе слышал в небесном Иерусалиме". С тех пор и на долгое время сочинять в стиле Палестрины было обязательным для композиторов католической духовной музыки.

Неудивительно, что с 1561 года и до конца жизни композитор занимал почетную должность руководителя капеллы собора Св. Петра. За заслуги перед церковью он был там и похоронен в 1594 году.

Палестрина за свою жизнь написал много церковных произведений: около 100 месс, 68 офферториев, более 200 мотетов, гимны и другие духовные хоровые сочинения. Музыка месс композитора в полной мере отвечает величию литургического обряда и становится его органичной составной частью. Палестрина в своем творчестве использовал знания музыкальной теории и искусства предшествующих поколений, в частности, очень сложного технически искусства представителей нидерландской школы. Он сумел придать ему новый смысл и, самое главное, – сделал более человечным и понятным. Именно поэтому его можно назвать великим композитором.

Палестрина до сих пор остается непревзойденным мастером многоголосья, так называемой полифонии.